Phần một bắt đầu khi “Marvel';;s The Avengers” bị bỏ dở. Chỉ sau trận chiến ở New York, và giờ đây sự tồn tại của các siêu anh hùng và người ngoài hành tinh đã được công chúng biết đến, thế giới đang cố gắng nắm bắt thực tế mới này. Đặc vụ Phil Coulson đã hoạt động trở lại và hiện đang để mắt đến một nhóm bí ẩn có tên The Rising Tide. Để theo dõi kẻ thù vô hình, vô danh này, anh ta đã tập hợp một nhóm Đặc vụ nhỏ, được tuyển chọn kỹ lưỡng từ tổ chức thực thi pháp luật trên toàn thế giới có tên là S.H.I.E.L.D.
