Hậu quả của Tác động thứ tư, bị mắc kẹt mà không có những Người truyền bá phúc âm của họ, Shinji, Asuka và Rei tìm kiếm nơi ẩn náu trong tàn tích đỏ hoang tàn của Tokyo-3. Nhưng mối nguy hiểm đối với thế giới còn lâu mới kết thúc. Một tác động mới đang xuất hiện ở phía chân trời - một tác động sẽ chứng minh là kết thúc thực sự của Evangelion.
