Năm đó là 2199, và trái đất bị vây hãm của phóng xạ bởi Đế quốc Gamilas khoảng 5 năm. Cư dân trên tái đất phải chuyển xuống lòng đất để chạy trốn khỏi những trận oanh tạc, nhưng sự nhiễm xạ đang dần dần thấm vào cơ thể họ. Phi hành đoàn của cơ quan Chiến hạm Không gian Yamato được thiết lập để thực hiệm một cuộc hành trình đến hành tinh Iscandar để tìm kiếm bộ công cụ có thể chữa lành những vết thương của Trái đất trước khi quá muộn.
